Se halla ubicado en la peque�a villa de San Mill�n de la Cogolla, provincia de La Rioja (Espa�a), en la margen izquierda del r�o C�rdenas. Forma parte del conjunto monumental de 2 monasterios, junto con el otro m�s antiguo que est� m�s arriba, en el monte, llamado Monasterio de San Mill�n de la Cogolla. Este de abajo fue mandado construir en el a�o 1053 por el rey navarro Garc�a III de N�jera (as� se llamaban los reyes, o de N�jera o de Pamplona, antes de pasar a llamarse de Navarra, pero es el mismo reino). La historia de su fundaci�n va unida a una leyenda en que hay de por medio un milagro.
Leyenda de la fundaci�n del monasterioEl rey Garc�a era muy devoto de San Mill�n. Como acababa de fundar el gran monasterio de Santa Mar�a la Real de N�jera en esta ciudad que era Corte del reino, quiso llevarse all� los restos mortales del Santo, que estaban enterrados en el monasterio de San Mill�n de la Cogolla (Suso). Los restos del Santo fueron colocados en una carreta tirada por bueyes y as� emprendieron el viaje, con gran descontento de los monjes que all� quedaban desolados por la p�rdida de su patrono. Cuando llegaron al llano, cerca del r�o, los bueyes se detuvieron y ya no quisieron volver a andar; no hubo forma de obligarles. El rey y toda la comitiva comprendieron que aquello era un milagro, que San Mill�n estaba imponiendo su voluntad de no pasar de all� y ser enterrado de nuevo en aquellos lugares. Fue entonces cuando el rey mand� construir el reciente monasterio, al que se llam� Yuso (abajo), en contraposici�n con el de arriba (Suso).
Detalles del edificioEl monasterio fue construido en estilo rom�nico, como correspond�a a la �poca. Tiene reconstrucciones posteriores del siglo XVI, en estilo herreriano, del siglo XVII y del XVIII. Al principio fue una abad�a benedictina, pero a partir de 1878 lo regentan los Agustinos Recoletos. Se halla en perfecto estado gracias a que en la actualidad est� habitado por los monjes que se ocupan por su mantenimiento.
Se accede al interior por una puerta barroca del siglo XVII que lleva columnas corintias y un relieve de San Mill�n a caballo. Desde el vest�bulo se entra al Sal�n de los Reyes donde hay varios cuadros valiosos pintados por fray Juan Rizzi, que representan a condes y reyes, entre ellos a Garc�a de N�jera, el fundador, y a Sancho III el Mayor de Navarra (padre del anterior), que ofrece una particularidad: su cabeza es el retrato del escritor espa�ol, Lope de Vega. La iglesia es de 3 naves, con b�veda estrellada y un bonito cimborrio. Tiene un retablo del siglo XVII con pinturas tambi�n de fray Juan Rizzi; el cuadro central representa a San Mill�n en la batalla de Hacinas (Burgos) contra los moros. Los cristianos, en sus luchas contra los musulmanes, eligieron a San Mill�n como patrono y as�, Gonzalo de Berceo en su Vida de San Mill�n nos cuenta la promesa de los votos legendarios, de una parte Ramiro II de Le�n a Santiago y de la otra, Fern�n Gonz�lez a San Mill�n. Luego nos refiere la maravillosa aparici�n de ambos patronos en la batalla de Hacinas.
En la sacrist�a se guardan las reliquias de los santos Mill�n y F�lix, su maestro, en dos arquetas de plata y placas de marfil. La de San Mill�n fue un encargo de Sancho IV de Navarra (Sancho el de Penal�n), en el a�o 1067.
Tiene el monasterio tambi�n una importante biblioteca construida en 1665, aunque en la actualidad est� bastante despojada de vol�menes. Pero todav�a guarda obras buenas y valiosas, alg�n c�dice (libro anterior a la invenci�n de la imprenta) e incunables (un incunable es toda edici�n hecha desde la invenci�n de la imprenta hasta principios del siglo XVI).