Juan de Colonia (Colonia, Alemania, 1408 – Burgos, España, 1481) fue un arquitecto alemán, que introdujo en Castilla el estilo gótico flamígero. Se le considera, junto a Enrique Eras, el representante más acabado del mismo en España.

Juan llegó a Burgos, contratado por el obispo de la ciudad, Alonso de Cartagena, alrededor de 1440 para trabajar en las obras de la Catedral. El obispo le encargó inicialmente la capilla de la Visitación, cuya construcción acabaría a mediados de la década. Inspirándose en las catedrales de París y Reims, inició luego la reforma de la rica fachada, añadiéndole dos torres de piedra calada, el ejemplo más acabado del estilo flamígero en la península.

El éxito de Juan y la cómoda posición de su protector le permitieron abordar en 1454, cuando aún las torres estaban inconclusas, el diseño y la construcción de la iglesia de la Cartuja de Miraflores. Simultáneamente inició la construcción del cimborrio, respetando los planos originales de la catedral; el ahora existente es una reconstrucción realizada el siglo siguiente por Juan de Vallejo.

Realizó aún muchas otras obras de envergadura; en la década de 1470 abordó la ornamentación del panteón de San Juan de Ortega, la construcción de la capilla de Santa Ana y de la iglesia de San Pedro de Cardeña. También se le atribuyen las fachadas del colegio de San Gregorio y de la iglesia de San Pablo en Valladolid, obras ambas que se asignan así mismo a Gil de Siloé. También fue el iniciador de la Casa del Cordón, de Burgos que concluiría su hijo.

Durante su residencia en Burgos contrajo matrimonio con la local María Fernandez. De los seis hijos del matrimonio dos continuaron el oficio paterno; Simón de Colonia acabaría la obra de la Cartuja y sería un destacado arquitecto por derecho propio.