Fue fundado por el rey García Sánchez III, rey de Navarra, que lo mando construir en el 1052. En 1079 Alfonso VI de Castilla incorporó a la orden benedictina de Cluny el monasterio y sus clérigos hasta la Desamortización de Mendizábal en 1835. Desde 1895 es una comunidad de frailes Franciscanos quien rige el monasterio.La iglesia del monasterio es de 1516. En su entrada se encuentra el panteón real que alberga 12 sepulcros de la dinastía "Jimena" del Reino de Navarra, de los siglos X y XI y de García IV Ramírez. Frente a ellos cabe destacar el sepulcro de Blanca de Navarra del siglo XII.

El retablo de la capilla mayor es del siglo XVII, de estilo barroco. El coro de principios del siglo XVI de estilo Reyes Católicos, la sillería tallada en madera de nogal es una obra maestra del gótico florido, en la silla abacial se puede admirar la figura policromada del rey García Sánchez III. El claustro se inició a construir en el siglo XVI, y fue lugar de enterramiento de muchos nobles entre los que se encontraban Diego López de Haro.